本中心前身(經濟部中央地質調查所)屬於國土資訊系統架構之自然環境基本資料庫分組，負責整合建置全國地質相關圖資。

國土資訊系統第1期作業（87至91年）時利用地理資訊系統技術初步整合部分地質圖資，並完成相關作業規範。第2期作業（92至96年）時除辦理相關作業規範研修，並利用空間資訊技術分階段辦理本所各業務單位所產製之地質圖資數值化建檔作業，持續彙整各類地質資料，同時建置地質倉儲架構雛型。第3期作業（97至104年）期間，以示範性「服務導向架構」整合資料查詢功能，完成資料庫半自動化供應鏈體系之地質倉儲系統基礎環境建置，使民眾得直接獲取各類地質資訊，並提供三維平台供閱覽地質資料。

近年來地質資料能以視覺化方式處理及對外揭露，加上地質法、地質資料蒐集管理辦法陸續施行，民眾亦更加重視居住的地質環境，為持續提供最新地質資料，本所成立「地質圖資建置及開放應用計畫」，期以5年時間加速辦理基礎資料建置及更新作業，並達成「NGIS2020時空資訊雲建置計畫－落實智慧國土」推動總目標。